Hovedstyret er SAFO øverste organ. Hovedstyret består av politisk valgt og administrativ leder fra hver medlemsorganisasjon, eller den de bemyndiger. Hovedstyrets medlemmer forankrer SAFOs arbeid i sine respektive styrer.
Rollen som styreleder går på omgang mellom organisasjonene, og velges for ett år av gangen.
